经过历时一年多、在全球范围的严格遴选，中国科技大学前校长朱清时院士最终成为南方科技大学（筹）创校校长的最佳人选。9月10日，(广东)省委常委、（深圳）代市长王荣会见朱清时，并代表市委市政府向他颁发了聘书。这标志着南方科技大学的筹建工作取得了里程碑式的进展。
王荣在会见朱清时时表示，深圳正在新一轮改革开放的重要时期，筹办南方科技大学，是城市发展战略和产业结构优化的需要，也是提升深圳国际竞争力、实现可持续发展的需要。他指出，深圳29年的发展就是不断开拓创新的历程，创办南方科技大学依然要靠开拓创新的精神，通过机制和体制创新吸引高端人才，勇于探索，追求卓越，把南方科技大学办成高水平的大学，在我国高等教育改革中发挥先导和示范作用。他还表示，市政府将全力支持南方科技大学的筹创工作，并对朱清时领导南方科技大学筹创工作充满信心。
南方科技大学校长遴选工作采用国际上高等学校通行的同行推荐的惯例，借助国际人力咨询机构协助，并与组织干部任用审批程序相结合，是首例国内高等学校通过国际人才咨询公司协助选拔校长，堪称高水平人才引进工作的创新举措。2009年3月26日至27日，深圳市召开南方科技大学校长遴选委员会会议，以票决方式遴选推荐出朱清时院士位列南方科技大学拟任校长第一候选人。2009年6月29日，省委副书记、市委书记刘玉浦主持市委常委会议，会议同意聘任朱清时同志为南方科技大学(筹)创校校长。
朱清时在会见时表示，经过近30年的发展，深圳具备了创办一所新型的现代化高等学校所需的雄厚物质基础和良好的政策及软件条件，自己将把创办南方科技大学视为“一生中最重要的工作”，按照教育规律办学，创新机制体制，吸引华人一流学者乃至世界杰出人才加盟，把南方科技大学办成高质量的研究型大学。