伊犁师范学院数学系的前身是1948年建校之初的理科组，1980年5月根据教育部（1980）教计字198号文，国务院批准以伊犁师范学校为基础成立伊犁师范学院，基础数学专业（师范类）就是当时设置的6个专业之一。1981年5月20日，经自治区人民政府（1981）268号文批准，在原伊犁师范学校数学组（数学专业）的基础上正式成立数学系。2006年初，经国务院学位委员会批准，伊犁师范学院获得硕士学位授予权，数学系基础数学专业成为伊犁师范学院首批三个硕士点之一。
目前，数学系系拥有一个本科专业：数学与应用数学；一个基础数学专业硕士点，下设两个研究方向：模糊数学基础和复分析与调和分析；一个应用数学研究所，下设三个研究室：非线性分析与控制理论研究室、概率统计与应用研究室和信息与计算科学研究室；另有一个挂靠在我系，隶属于我院教育科学研究所的数学教育与数学史研究室。
数学系设有四个教研室：分析教研室、代数与几何教研室、应用数学教研室和数学教育教研室；挂靠一个社会团体：伊犁州数学学会。数学系建立了数学与应用数学专业管理与指导系统，管理系统又分为教学管理系统、科研管理系统和学生管理系统。为全面规范全系的教学、科研与学生的日常事务工作，我系还设立了教学工作指导委员会、学术学位工作委员会和学生工作指导委员会，其主要职能是对教学、科研与学生管理工作进行监督和指导。
数学系现有教职工54人，其中专任教师50人，专任教师中教授4人、副教授19人、讲师22人、助教5人，专任教师中博士3人、硕士14人、再读博士1人、再读硕士10人。数学系现有校级学科带头人4人、骨干教师3人、青年拔尖人才6人。兼职教授8人。目前，数学系共有12个教学班级，528名在校生，其中汉族学生389人，民族学生139人。
数学系是伊犁师范学院教学与科研实力较强的单位之一。数学系现有自治区级精品课程1门、11门校级精品、重点课程、6门系级重点课程。近年来，共出版学术专著4部，完成国家级课题3项、省部级课题16项和院级课题25项，发表学术论文397篇，先后获省部级科技进步奖2项，获省部级自然科学优秀论文奖12项。其中完成的国家级项目“信息处理交换用锡伯文三项国家标准”，填补了国家信息标准在锡伯文方面的空白。目前承担省部级课题4项、院级课题12项。数学系始终努力营造师德建设的良好氛围，近三年涌现了一批维护民族团结、反对民族分裂、师德高尚、业务精湛的模范教师。2006年7月，数学系党总支获“自治区高等学校先进基层党组织”称号；2007年7月，数学系被授予“自治区教育系统先进集体”荣誉称号；同时，数学系获“学院精神文明建设先进集体”称号；1人次获“自治区先进工作者”荣誉称号；1人次获“自治区高校名师”荣誉称号；2人次获“自治州三育人先进个人”荣誉称号； 1人次获“学院共产党员标兵”荣誉称号；43人次获校级嘉奖。
数学系学术带头人有汤建钢教授、尼亚孜别克教授、郭继东教授、阿布地莎教授，其中汤建钢教授获波兰国家科学院技术科学博士学位，是享受国务院特殊津贴专家、自治区有突出贡献的优秀专家、自治区优秀专业技术工作者、自治区先进工作者、自治区高等学校教学名师。该研究集体在若干领域的研究受到国内外专家的高度评价。数学系在注重数学理论研究的同时，也注重加强数学应用的实践研究，拥有一支较高水平的数学建模指导队伍，指导学生参加全国大学生数学建模大赛多次获奖。
长期以来，数学系以建设区内外具有一定影响的数学教学、科研和师范教育的基地为目的，重视加强师资队伍的建设与培养，与波兰科学院系统研究所、德国Osnabruck大学数学与计算机科学系、美国纽约市立大学数学系、东北师范大学数学系、南京大学数学系、四川大学数学学院和新疆大学数学与系统科学学院建立了长期学术交流合作关系。曾有10余人次先后到波兰、德国、日本、白俄罗斯、罗马尼亚等国进行长期访学，数学系每位教师都曾到内地高校深造学习一至二次。
数学系始终坚持发扬“品正学实”的校训和艰苦奋斗的光荣传统，克服地处边疆的种种困难，不断深化教育改革，大力培养和输送各民族高层次人才，为北疆的经济社会发展、富民强边事业做出了重要贡献。如81届毕业生赛依山，现任自治区教育厅副厅长；79届毕业生来提甫，现任伊犁师范学院党委委员、副院长；77届毕业生谢庆安，现任伊犁师范学院党委委员、副院长；80届毕业生安平，现任伊犁州人民政府秘书长；81届毕业生居曼，现任伊犁州党委副秘书长；87届毕业生郁文生，博士，中科院研究生院教授，博导；90届毕业生丁效华，教授，博导，现任哈尔滨工业大学威海分校数学系主任；90届毕业生蒋海军，教授，硕导，东南大学博士后，现任新疆大学教务处副处长等。
27年以来，数学系共培养本科生2039人。为实现培养人才的目标，本专业在课程体系、教学内容和教学方法上锐意改革。其指导思想是确立以基础、素质、能力教学为重点的教学观念，做到重基础、宽口径、高素质，使学生德才兼备，注重发展学生个性，培养良好学风，为创造性人才的成长营造良好的学术氛围与环境，重视与加强学生理论思维和独立思考的能力，优化学生的知识结构，强化学生的实践能力，促进学生素质的全面提高。现在，数学系已成为伊犁、新疆、乃至全国部分省市的中学教师、各类各级教育机构的管理人才和其他方面人才的摇篮。
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