清华大学数学系始建于1927年，有着悠久历史和辉煌传承。在创系的最初25年间，有赖郑之藩教授、熊庆来教授、杨武之教授等几位老系主任的大力倡导和扶持，学术很快昌盛，人才风云而至，包括J.Hadamard 和N.Winer 在内的一批世界著名学者先后来这里执教。这期间，清华园已成为全国数学研究中心和人才培养基地，一批在现代数学史上举足轻重的人物汇集于清华园，他们中的佼佼者华罗庚教授和陈省身教授就是从这里走向世界的……
1952年高校院系调整之后，清华大学数学系经历了一个特殊发展时期。为了适应社会主义现代化建设的新要求，工科数学教学与研究有了很大发展。1958年，全国第一个工科计算数学专业在清华园创立，高等数学和计算数学有了长足进步，为培养“红色工程师”做出了特殊贡献。
1979年清华大学数学系重建并更名为应用数学系，先后在1981年和1984年组建了计算数学与应用数学两个博士点；1999年应用数学系扩建更名为数学科学系，并在1998年和2000年创建了基础数学博士点和一级学科博士点，学科建设和人才培养进入了新的飞速发展时期。
目前，数学科学系已形成一支实力雄厚，学科和年龄结构合理的师资队伍。全系教师共81人，包括正教授37人（其中博士导师18人），副教授35人，讲师7人，助教2人。45岁以下的中青年教师48人，其中13人为正教授，45人具有博士学位。13名年轻教授全部具有在国外学习或工作的经历，其中6人获国家杰出青年基金，2人获教育部跨世纪人才基金，2人获香港求是杰出青年学者奖，1人为长江讲座教授。全系有国家“973”重大基础项目组成员14人，二级课题负责3人。
近年来，数学科学系强化了国际学术合作交流，先后聘请了MIT的林家翘教授、Harvard大学的丘承桐教授、加州大学Berkeley分校的陈省身教授为名誉教授。以巴黎十一大学的Jean-Marc Fontaine和Jacques Peyriere为首席教授的法国讲席教授团也加盟数学科学系，与全系师生一道，为培养新一代优秀数学工作者正夜以继日地耕耘……
天行健，君子以自强不息；地势坤，君子以厚德载物。清华大学数学科学系正秉承过去的优良传统，努力开启未来的辉煌。
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